Spor Toto Süper Lig’de ilk yarı sona erdi. İlk yarıyı Galatasaray 33 puanla lider olarak kapattı. Fenerbahçe ise ilk yarıyı liderin 6 puan gerisinde dördüncü sırada tamamladı. 2012-13 sezonun ilk yarısı, Süper Lig tarihinde dört büyüklerin en az puan topladığı/en çok puan kaybettiği ilk yarı olurken 27 puan toplayan Fenerbahçe’nin de en az puan topladığı ikinci ilk yarı olarak kayda geçti. Daha önce 1990-91 sezonun ilk yarısında 26 puan toplamıştı. Fenerbahçe ilk yarı boyunca 7 galibiyet, 6 beraberlik, 4 mağlubiyet alırken 25 gol atıp 19 gol yedi.
Fenerbahçe, geçtiğimiz sezon şampiyonluğu son maçta kaçırıp, 30 yıllık Türkiye Kupası hasretine son verdi. Bu başarı, yaşanan travmanın ardından büyük bir diriliş oldu ve bu sezona daha büyük hedefler konarak başlandı. Sezon başı kadroya dâhil edilen Hasan Ali, Kuyt, Salih, Krasic ve Egemen gibi isimler kadroya derinlik kazandırırken orta sahanın dinamosu Emre takımdan ayrıldı. Aykut Kocaman’ın Alex’i kafasındaki kadroda düşünmediği aşikâr bir durumdu ve nitekim de Alex ile ligin 6. haftası yollar ayrıldı. Fenerbahçe Alex’in ayrılışının ardından büyük bir sıkıntı yaşamasa da bazı maçlarda Alex’in sihirli dokunuşlarına ihtiyaç duydu. Mesaiye Şampiyonlar Ligi’nden elenerek ve Süper Kupa Finali’nde Galatasaray’a mağlup olarak başlayan Fenerbahçe böylece sezona iki fire vererek başlamış oldu. Verilen firelere rağmen Fenerbahçe’nin ilerleyen haftalarda kendini bulacağı ve oyuncuların birbirine alışacağına yönelik düşünceler çoğunluktaydı; çünkü kadroda, yapılan transferlerle de birlikte, neredeyse her mevkinin bir alternatifi oluşmuştu. Defans bölgesine Egemen ve Hasan Ali’nin katılımı bu bölgedeki mücadeleyi ve çeşitliliği artırdı. Orta sahada ise Emre’nin kaybı büyük bir eksiklik olsa da Krasic, Kuyt ve genç Salih’in katılımı bu eksiği aratmayacak cinstendi.
Süper Lig’e İzmir’de Elazığspor’la 1-1 berabere kalarak başlayan Fenerbahçe ilk yenilgisini 6. haftada deplasmanda Kasımpaşa karşısında aldı. Fenerbahçe ertesi hafta Beşiktaş’ı Kadıköy’de 3-0 mağlup etti. Ancak Beşiktaş’ın o sıralar dibe vurmuş hali de bu skorda büyük etken oldu. Ardından Bursaspor deplasmanında yine vasat oyununa dönen Fenerbahçe bir sonraki hafta evinde Antalyaspor’a 1-3 mağlup oldu ve bu sonuçla Fenerbahçe’nin Kadıköy’deki beyliği sona ermiş oldu. Akhisar deplasmanı ve Kadıköy’deki Orduspor maçlarını 2-1’le kazanan Fenerbahçe’nin bu iki maçta oynadığı birbirinden tamamen farklı iki oyun, deplasman ve Kadıköy’deki maçların farkını gözler önüne serdi. Ertesi hafta Fırat Aydınus’unda etkisiyle yine deplasmanda Eskişehirspor’la berabere kalan Fenerbahçe 13. hafta Kadıköy’de Gençlerbirliği’ni 4-1’lik skorla yendi ve Kayseri deplasmanından yine 1 puanla döndü. İBB’yi zorda olsa Kadıköy’de deviren Fenerbahçe ertesi hafta Galatasaray deplasmanından 2-1’lik mağlubiyet, Meireles’in kırmızı kartı ve derin bir yara ile döndü. 17. haftada Kadıköy’de Karabükspor ile oynanan maç kırılma noktasıydı. Fenerbahçe’nin futbol olarak bir süreklilik gösterememesi, deplasmanlardaki kötü oyun ve alınan tek galibiyet taraftarları bir ikileme sürükledi. Bir grup Aykut Kocaman ve yönetimin istifasını isterken diğer bir grup desteğini sürdürdü.
Fenerbahçe ilk yarı boyunca iyi maçlar çıkarırken bu maçların sürekliliğini sürdürememesi, Kadıköy ve deplasman maçlarındaki orantısızlığın tavan yapması ve deplasmanda sadece bir galibiyet alabilmesi ikinci yarı adına umut vermedi. Ancak yerinde birkaç takviye, iyi bir kamp dönemi ile bu durumu aşmak hiç zor değil. Aykut Kocaman’ın 9 puan geriden gelip şampiyon olduğunu da varsayarsak Fenerbahçe için şampiyonluk olası. Devre arası için deplasman fobisi, defans hattının hızlı forvetler karşısında düştüğü durum, orta saha bölgesinin alanı iyi kullanamaması, Fenerbahçe’nin üzerine eğilmesi gereken en temel problemler.