John F. Kennedy yönetimi, uzun yıllar boyunca Küba Füze Krizini neredeyse hiçbir karşılık ödemeden SSCB’nin Küba’ya yerleştirdiği füzeleri çekmesini sağladığı için yüceltilmişti; ancak daha sonraları, John F. Kennedy’nin kardeşi ve olayın baş aktörlerinden olan Robert Kennedy’nin de aralarında bulunduğu kişilerin hatıralarını yazmaları sonucunda Amerika’nın ödediği bedelin hiç de öyle basit bir Küba’yı işgal etmeme sözü olmadığı ortaya çıktı. Amerika ve SSCB arasında gerçekleşen gizli görüşmelerin sonucunda anlaşmanın esasında Amerika’nın Türkiye’deki Jüpiter füzelerini sökmesinin karşılığında Sovyetler Birliğinin Küba’daki füzeleri sökmesi temeline dayandığı ortaya çıktı.
Orta menzilli füzelerin NATO ülkelerine yerleştirilmesi fikri, Eisenhower hükümetinin Süveyş Bunalımından sonra NATO ülkelerinde oluşan moral bozukluklarını gidermek ve bu ülkelerin kendilerini daha güvende hissetmelerini sağlamak amacıyla, 1957’de ortaya attığı bir fikirdi. Amerika’nın bu önerisi NATO genel kurulundan oy birliğiyle geçti, ancak 2 yıl sonra dahi bu füzelerin nereye konulacağı kesinleşmemişti. Amerika’nın ilk tercihi olan De Gaulle yönetimindeki Fransa, bu füzelerin yerleştirilmesinin bağımsızlıklarına ket vuracağını düşünerek füze yerleştirilmesi teklifini reddetti. De Gaulle’nin reddinden sonra görüşülen diğer ülkeler ya Fransa ile aynı sonuca vardı veya nükleer füzelerin Sovyet saldırısı halinde ülkelerini birincil hedef haline getireceğinden korktular; Amerika’nın teklifini sadece Türkiye ve İtalya kabul etti. 1959 tarihinde imzalanan anlaşmayı Menderes hükümetinin kabul etmesinin nedeni ise füzelerin Türkiye’nin Ortadoğu’da bölgesel bir güç haline gelmesini sağlayabilecek prestiji getirebilmesi ve bir Sovyet saldırısı karşısında Amerika’nın askeri yardımını garantilemesidir..
Türkiye’nin bu hırsı ve daha öncesinde de Suriye’nin Sovyetler Birliğine yakınlaşmasına aşırı tepki göstermesi sonucunda neredeyse yoktan yere SSCB ile kriz yaşaması ise başta Norveç olmak üzere bazı Nato ülkelerini rahatsız etmişse de 1961 yılında nükleer füzelerin yapımına başlandı. Füzeler konusunda Türkiye’ye duyulan güvensizliğin getirdiği bir diğer sorun da ikili veto sisteminden kaynaklanmaktaydı. Bu sistem füzelerin Amerika ve Türkiye’nin birlikte onayıyla fırlatılmasını ve üste hem Türk hem de Amerikan askerlerinin çalışmasını öngörüyordu; ancak Türkiye’nin bir konvansiyonel saldırı karşısında bu füzeleri kullanmayacağının ve dolayısı ile çok korkulan nükleer savaşı başlatmayacağının bir garantisi yoktu. Bu sorunların göz önüne alınmasıyla Kennedy’e Türkiye’ye neredeyse Türkiye’nin kontrolünde olan Jüpiter füzelerinin yerine, Amerika’nın kontrolünde olacak Polaris denizaltılarının gönderilmesi danışmanları tarafından tavsiye edildi, ancak Kennedy bu füzelerin Türkiye açısından ne kadar önemli olduğunu biliyordu ve Türkiye’yi gücendirerek NATO’yu sarsma riskini göze almadı ve füzelerin yapımını durdurmadı. Buna rağmen füzeler faal hale gelmeden önce bu konuyu o esnada Türkiye’nin başında bulunan darbe yönetimi ile tartıştılar, ancak darbe yönetimi de Menderes hükümeti ile benzer tutumdaydı ve Amerika’nın teklifini reddetti.
Kruşçev tahmin edilebilir Amerikan yönetiminin haricinde istikrarlı olmayan Türkiye ile de uğraşması gerekeceğinden dolayı kendisini büyük bir tehlike altında hissetti. hatta bir toplantı esnasında etrafındaki gazetecilere “Karadenize baktığım zaman bana çevrilmiş, Jüpiter füzelerini görüyorum.” demiştir. Türkiye’deki füzelerin SSCB’nin Küba’ya füze kurma fikrini Küba füze krizinin patlak vermesinden sonra Kennedy yönetimi, Kruşçev’in Jüpiter füzelerinin kaldırmasını istemesinden ve böylece Amerika’nın müttefikleri nezdinde güvenilirliğini sarsmasından endişelenecek çekinmekte lakin istenildiği takdirde bu füzeleri kaldırmaya hazır konumda bulacaktır, kendilerini.
Türkiye ise bu tarz bir isteğin SSCB’den gelebileceğini tahmin etmiş ve büyük elçiler aracılığıyla Amerika’nın, Türkiye’den habersiz böyle bir anlaşma yapmayacağının sözünü almak istemiştir. 26 Ocak’da Kruşçev Amerika’dan sadece Küba ambargosunu kaldırmasını ve Küba’yı işgal etmeme sözünü vermesini istediğinde herkes rahatlamıştı; ancak bu durum uzun sürmedi. Hemen 27 Ocak sabahında Kruşçev bir kamuoyu açıklamasıyla bu sözlerin haricinde Türkiye’deki füzelerin de kaldırılmasını talep etmiştir. Kennedy de savaş veya bu anlaşmayı yapmak dışında bir seçeneğinin kalmadığını fark ettiğinde Moskova ile gizli bir şekilde Kruşçev’in şartları üzerinde -Türkiye’deki füzelerin gelecek bir tarihte kaldırılması kaydıyla- anlaşmıştır; tek şartı ise bu anlaşmanın kamuoyunca öğrenilmemesidir. Bu sayede hem kamuoyu karşısında küçük düşmemiş ve dahası NATO üyeleri nezdinde Amerika’nın prestijini sarsmamıştır. Nitekim, Kennedy bu anlaşmaya uymuş ve füzeleri eskidiği gerekçesi ile Türkiye’den sessiz sedasız kaldırmıştır. Kaldırdığı füzelerin yerine Türkiye’ye
vermek ve nükleer silah yüklü Polaris denizaltılarını Ege kıyılarına göndermek suretiyle bozulan ilişkileri bir nebze için düzeltmeye çalışmıştır. Ali Naili Erdem gibi bazı milletvekilleri kaldırılan füzeler konusunda İnönü hükümetinden açıklama talep etmiştir. Dışişleri bakanı ise bu soruya NATO’nun nükleer silahlara daha çok kalkan ve konvansiyonel silahlara kılıç rölünü verdiklerini ve Türkiye’ye konvansiyonel silahlar vermek suretiyle de Türkiye’nin NATO’daki rolünün azalmadığını belirtmiştir.
olaylı yoldan aşıladığını söylemek dahi mümkündür. Kruşçev anılarında Türkiye’den atılan füzelerin nasıl Moskova’yı 10 dakikada vurabileceğini savunma bakanı Rodion Malinovski ile tartıştığını ve aynı tedirginliğin Amerika için nasıl yaratılabileceğini tartıştıklarını yazıyor.Küba’ya füze yerleştirilmesi işleminin Jüpiter füzelerinin aktif haline geldiği sıralarda başlaması ise pek rastlantı gibi görünmemektedir.