1918 yılında, artık savaşın kaybedildiği kesinleştiği zaman, İttihatçı liderler hükümetten çekildiler ve ülkeyi terk ettiler. İttihat ve Terakki Cemiyeti kendini feshetti. Bu davranışlarında savaş esnasında işledikleri iddia edilebilecek suçlardan dolayı yargılanmaktan kaçınmak gibi bireysel sebepler olduğu gibi, ateşkes ve barış antlaşmaları müzakere edilirken Osmanlı Devleti’nin elini güçlendirmek gibi ulusal bir sebep olduğunu da iddia edebiliriz. Çünkü İttihat ve Terakki Hükümeti başta Ermeni Tehciri olmak üzere müttefikler tarafından savaş suçu addedilen birçok eylemde bulunmuş, ayrıca Çanakkale ve Irak cephelerindeki askeri başarıları ile İngilizleri bir hayli uğraştırmışlardı. Bundan dolayı başında öncü İttihatçıların bulunacağı bir delegasyon, müttefikler tarafından düşmanca karşılanacak ve taviz koparmakta zorlanacaktı. Kurulan Ahmet İzzet Paşa hükümeti hala İttihatçı olan veya İttihatçılara sempati besleyen, fakat Alman yanlısı olmayan kişilerden oluşuyordu. Böylece savaş sonrasına yumuşak bir geçiş yapılmış oluyordu. Bu sırada 1909’dan beri saltanatta olan 5. Mehmet Reşat vefat etmiş, yerine kardeşi 6. Mehmet Vahdettin geçmişti. Vahdettin, saltanatının ilk zamanlarında hala güçlü olan İTC ile çatışmadan kaçınmış, selefi olan Mehmet Reşat’ın uzlaşmacı tavrını sürdürür görünmüştü. Fakat Mehmet Reşat’ın silik diyebileceğimiz karakteri Vahdettin’de tezahür etmemişti. Vahdettin şahsının ve makamının yetkilerini yeniden geliştirmek yönünde büyük ihtiraslar taşıyordu ve bunu gerçekleştirmek için uygun vakti bekliyordu.
30 Ekim 1918’de gelecekte başbakan olacak olan Bahriye Bakanı Rauf Bey’in başkanlığındaki heyet Mondros Ateşkes Antlaşması’nı imzaladı. Antlaşma esnasındaki sınırlar daha sonra Misak-ı Milli’ye temel teşkil edecektir. Mütarekenin ardından Vahdettin, ilk İngiliz filosu gelmeden Tevfik Paşa’yı sadarete atadı. Böylece hükümetteki az da olsa İttihatçı etkisi silinmiş oluyordu. Fakat Meclis-i Mebusan neredeyse tamamen İTC mensuplarından oluşuyordu. Tevfik Paşa, Vahdettin’in hısmıydı. Vahdettin devlet işlerinde ancak kendi kişisel yakınlarına güvenirdi, Mütareke dönemi boyunca sadaretin Tevfik Paşa ve Damat Ferit Paşa arasında el değiştirmesi bunun kanıtıdır. Bu sırada Mustafa Kemal Paşa güney cephesindeki orduların terhis edilmesine nezaret ediyordu. Niyeti hükümette bakan olarak görev almaktı, harbiye nezaretine getirilmek istiyordu. Rauf Bey, Fethi Bey gibi yakınlarıyla hükümette yer almak veya hükümete etki etmek için bu dönemde bir gruplaşma içine girdiklerini anlıyoruz. İstanbul’da bunun için yarım yıl uğraşacak, faydasız olduğunu anladığı vakit Anadolu’ya tayinini isteyecek ve ulusal mücadeleye katılacaktı. Ancak Vahdettin ve onun sadrazamları, barış antlaşması görüşmeleri öncesinde müttefik kuvvetler ile sorun yaratacak herhangi birinin hükümette yer almasını istemiyorlardı. Onlara göre azınlıklara karşı savaş suçu işlediği iddia edilen İttihatçılar cezalandırılırsa ve her konuda müttefikler ile uzlaşmacı bir siyaset güdülürse, galiplerin gazabından kaçınılabilirdi. Böylece Mütareke hükümetleri İttihatçılara karşı bir cadı avı başlattı, İTC’nin ardılı olan örgütleri yasakladı. Azınlıklara iyi davranılıyor ve Wilson İlkeleri’nden medet umuluyordu. İtilaf ve Hürriyet Fırkası’nın öncü simalarının da hükümete girmesiyle İTC’ye yönelik tutum iyice sertleşti. İttihatçılar tutuklandılar ve yargılandılar, daha sonra müttefikler tarafından Malta’ya sürgüne gönderildiler. Yeni Meclis-i Mebusan’da artık Anadolu’ya geçmiş olan Mustafa Kemal’in direktifleriyle bir Felah-ı Vatan Grubu kuruldu. Fakat bu grup meclisin Ankara’ya taşınmasını veya Mustafa Kemal’in meclis başkanı olmasını reddetmişti. Felah-ı Vatan’ın Misak-ı Milli’yi kabul etmesinin ardından o ana kadar İstanbul’da kısmi denetim uygulayan müttefik kuvvetleri şehrin yönetimine el koydu ve meclisi dağıttı. Artık İstanbul’da hiçbir direniş olanağının kalmadığını anlayan milliyetçiler Anadolu’ya geçmeye başladılar.
Türk tarih yazımında yapılan en büyük çarpıtmalardan birisi Kurtuluş Savaşı’nın Mustafa Kemal’in Samsun’a çıkışıyla başladığının yazılmasıdır. İTC, savaşın kaybedileceğini anladığı vakit ileride bir ulusal direnişi örgütleyecek nüveler hazırlamaya başlamıştı. Merkezden gönderilen İTC mensupları o bölgedeki yerel ileri gelenler ile görüşerek kongreler yapıyor ve olası bir işgale karşı gerilla savaşına hazırlanıyordu. Yerel ileri gelenlerin bu örgütlenmelere katılmalarındaki en önemli motivasyon kaynakları mülklerine el koydukları gayrimüslimlerin bölgeye yeniden gelmelerini engellemekti. Merkezi iktidarın etkisinin azaldığı 1918-1920 arasındaki bu döneme Bülent Tanör “Kongre İktidarları” dönemi der. Mustafa Kemal’in başarısı bu direnişi başlatmak değil, dağınık ve kimi yerlerde ulusal hedeflerden yoksun olan örgütlenmeleri tek çatı altında ve kendi önderliğinde birleştirmesidir. Bu örgütlenmeler ileride TBMM hükümetinin ve Türkiye Cumhuriyeti’nin tabanını oluşturacaklardır.
