2007-2008 sezonu ilk maçta Mourinho için çok güzel başlamıştı. Stamford Bridge’de Birmingham City’yi 3-2 yendikleri maçla birlikte Chelsea ve Mourinho ligde evinde 64 maçlık yenilmezlik serisi elde etmişti. Bu ayrıca bir premier lig rekoru anlamına da geliyordu. Liverpool’un 1978-1981 yılları arasında bulunan evinde yenilmezlik rekoru José ve Chelsea tarafından geliştirilmişti. Fakat bu güzel başlangıçın devamı gelmedi. Chelsea önce ligde Aston Villa’ya kaybetti ardından kendi sahasında Blackburn ile golsüz berabere kaldı. Şampiyonlar Ligi gruplarındaki ilk maçta Rosenborg ile 1-1 Stamford Bridge’de 1-1 berabere kalmaları José nin üstünde bir baskı oluşturmuştu. Tarihler 20 Eylül 2007 yi gösterdiğinde Mourinho karşılıklı anlaşma sonucunda Chelsea’nin başından ayrıldı. Ayrılırken Chelsea tarihinin en iyi teknik direktörü olarak ismini yazdırmıştı. Kaldığı 3 yıl içerisinde tam 6 kupa kazanmış ve sahasında ki maçların hiçbirini kaybetmemişti. Yıllık 9.6 milyon dolar gibi bir ücret alan Mourinho ayrılırken daha 3 yıllık sözleşmesi vardı ve kesin olmamakla beraber Chelsea’nin José ye tam 20 milyon euro civarında bir tazminat ödediği konuşulmaya başlamıştı.
Mourinho tam 8 ay ortalarda görünmedi. Tam unutuldu dediğimiz bir anda da yeniden ortaya çıktı. Tarihler 2 Haziran 2008 i gösterdiğinde Roberto Mancini’nin yerine İtalyan devi Inter’in başına geçti ve 3 yıllık sözleşme imzaladı. İlk basın toplantısında konuştuğu akıcı İtalyanca ve “bunu sadece 3 hafta öğrendim” diyerek ortaya attığı iddia bütün İtalya basını tarafından manşetlere taşındı. Inter’in başına geçerken Porto ve Chelsea’de onun en büyük destekçisi olan teknik kadrosunun tamamına yakınını getirmişti. İlk sezonunda sadece 4 büyük ama yıldız olmayan transfer yaptı. Bu oyuncular Mancini, Sulley Muntari, Ricardo Quaresma ve eski öğrencisi Hernan Crespo. İlk sezonunda önce finalde Romayı penaltılarla yenerek İtalya Süper Kupasını daha sonrada Serie A da şampiyon olarak şampiyonluk kupasını müzesinde götürdü. Fakat Şampiyonlar liginde 2.turda Manchester United’a İtalya kupasında da yarı finalde 3-1 kaybederek Sampdoria’ya elenmişti. İlk sezonunun sonunda bazı taraftarlar onu şampiyonlar liginde Roberto Mancini kadar bile ilerleyemediğini söyleyerek başarısız bulduklarını söylemişlerdi. Ayrıca İtalyan basını ve diğer takımların teknik direktörleri de Mourinho’dan çok şikâyetçiydi. Sezon içinde yine pek çok ilginç yorum ve atıflarda bulunmuştu. Bunlardan bazılarını hatırlamak gerekirse; Bologna teknik direktörü Sinisa Mihajloviç, Mourinho için “Mourinho ile futbol konuşmam. Futbol oynamamış birinin bazı şeyleri anlamasını beklememek lazım” demişti. Mourinho çok kısa bir süre sonra Mihajloviç’e kendi stilinde cevap verdi; “jokey olmak için önce at mı olmak gerekir?”. Berabere biten bir Inter – Genoa maçından sonra ise Inter teknik direktörünün gazeteciler üzerinden futbolcularına seslenişi ise şöyleydi. Gazeteci: Takım yorgun muydu? Mourinho: “Yorgun mu? Günde 15 saat çalışıp ayda birkaç yüz euroyla evine dönen baba yorgun olur, biz değil…”
Yorgun ve 2 kupa ile biten 2008-2009 sezonunun ardından Inter transfere hızlı girdi. Adriano, Julio Cruz ve Crespo’nun ayrılışının ardından veteran Luis Figo’da emekli olmuştu. Bu oyuncuların yerine José yine yıldız kategorisinde olmayan ama görevini en iyi şekilde yapan oyuncuları tercih etmişti. Genoa’nın geçirdiği başarılı sezona en büyük katkıyı yapan 2 oyuncu Arjantinli forvet Diego Milito ve Thiago Motta’yı renklerine bağlayan Inter Real Madrid’de aradığı bulamayan Wesley Sneijder’i de transfer etti. Fakat o yılın bombası is şüphesiz Zlatan Ibrahimovic-Samuel Eto’o takasıydı. Inter Zlatan Ibrahimovic karşılığında Eto’o ve 35 milyon pound’luk transfer ücreti almıştı. Bu transfer Cristiano Ronaldo’dan sonra dünyanın en pahalı 2.transferi oldu. Bu takasın ardından Mourinho “Sadece aptal bir antrenör İbrahimoviç’i kaybettiği için üzgün olmadığını söyleyebilir ancak onun yerine gelen oyuncuyu beğenmemek de yalnızca aptal birinin söyleyebileceği bir şey. Elbette Eto’o da çok büyük golcü ama Ibrahimoviç’le asla karşılaştırılamaz bile. Ibrahimoviç’in üstüne sistem kurabilirsin ama Eto’o yu kurulu sisteme yerleştirebilirsin ancak.” şeklinde bir açıklama yaptı. 2009-2010 sezonu Inter için hiç iyi başlamamıştı. Önce Süper Kupa Lazio’ya 2-1 kaybedildi ardından ligin ilk maçında lige yeni yükselen ekiplerden Bari ile 1-1 berabere kaldılar. Bu 2 maçın ardından Inter inanılmaz bir form grafiği ve istikrar yakaladı. Orta sahada forvetlerin arkasında Sneijder ve onun arkasında da yeni transfer Motta ve veteranlar Zanetti veStankovic yer alıyordu. İnter kasım ayı sonuna kadar 30’dan fazla gol kaydetti. Özellikle derbi maçta Milan’ı 4-0 gibi bir skorla geçmeleri ve geçen yılın güçlü ekiplerinden Genoa’ya 5-0 gibi ezici bir üstünlük kurmaları rakiplere korku saçmaya başlamıştı. Şampiyonlar Liginde de işler yolundaydı. Gruptan çok rahat bir şekilde çıkan Inter 2.turda ise Mourinho’nun eski takımı Chelsea’yi 2 maçta da(San Siro’da 2-1,Stamford Bridge’de 1-0) yenerek geçmişti. Bu maçın ardından Mourinho yine çok ilginç açıklamalara imza attı. Önce maçın içindeki bir pozisyon için “Dürüst olmam gerekirse, hakem Chelsea’nin penaltısını vermedi.” diyerek otoriteleri yine karşısına alan José ardından “Kendime 10 üzerinden 11 veriyorum.” diyerek özgüveninin ne kadar yüksek olduğunu bir kez daha gösterdi. Özellikle Stamford Bridge’deki 1-0’lık galibiyetin ardından yaptığı basın toplantısında “Stamford Bridge benim evim ve ben orda her zaman kazanırım.” demesi Chelsea’li yöneticiler tarafından tepki topladı.
6 Nisan 2010’da José Mourinho bir kez daha tarihe geçmişti. Çeyrek finalde CSKA Moskova’yı 1-0 ve 2-0’lık skorlarla geçerek 3 farklı takımla Şampiyonlar Liginde Yarı final oynayan 2.teknik direktör olmuştu(Diğeri Louis Van Gaal’di). 28 Nisan 2010’da ise Mourinho Inter adına tarih yazmıştı. Yarı finalde Barcelona’yı 3-1 ve 0-1’lik skorlarla eleyen Inter 38 yıl aradan sonra adını finale yazdırmıştı. Mourinho Nou Camp’da 1-0 yenilerek turu geçtikleri 2.maç sonrası “hayatımda aldığım en güzel yenilgi” şeklinde yine sansasyonel bir açıklamaya daha imza attı. Finale giderken Barcelona’yı elemesi Real Madrid taraftarlarının da oldukça hoşuna gitmişti. Barcelona’nın Bernebau’da kupa kaldırma hazzını tatmasını engelleyen Mourinho için spor otoriteleri Real Madrid’in bir sonraki teknik direktörü olabileceği çünkü Barcelona’yı eleyerek testi geçtiğini ileri sürdüler. 2 Mayıs 2010’da Lazio’yu deplasmanda 2-0 yenerek şampiyonluğu ilan etmesinin ardından 5 Mayıs 2010’da da Roma’yı finalde Milito’nun attığı golle yenerek İtalya Kupasını kaldırıp “duble” yapmıştı. 22 Mayıs 2010 da ise Inter Bayern Münih’i Milito’nun golleriyle 2-0 yenerek Şampiyonlar Ligi’ni müzesine götürmüş ve 3.kupayıda kazanarak hem Inter “triple” yapmış hem de Mourinho kariyerinde 2.kez bir takımla(1.si Porto) “triple” yaparak bir rekora daha imza atmıştı. Kupa zaferinin ardından stattan ayrıldığı sırada oyuncusu Materazzi’ye sarılarak ağlaması ve vedalaşması spor otoriteleri tarafından ayrılacağına işaret gösterildi. 27 Mayıs 2010’da ise Real Madrid ile anlaştığını açıkladı. Inter kariyerinde takımının başında çıktığı 108 maçta 68 galibiyet alan ve yine kendi sahasında hiç yenilmeyen Mourinho kendi kırdığı rekoru geliştirmiş oldu.
